检查结果同时表明，大部分企业内部控制体系健全有效，较好地执行了《会计法》和企业会计准则，会计核算较为规范，会计信息质量逐步提高。多数证券资格会计师事务所风险意识显著增强，质量控制制度得到有效执行，审计执业质量明显提升，较好地发挥了审计鉴证作用。
不过，检查也发现，仍有部分企业存在不同程度的问题：
部分上市公司存在未有效执行会计准则、财务管理不规范、会计基础工作较薄弱、信息披露不充分以及违规使用募集资金等问题。
湖南天润化工发展股份有限公司存在会计凭证缺失、账实不符等问题，虚构销售收入8131万元，其下属企业将货款6439万元存入员工个人存折；贵州益佰制药股份有限公司无依据预提产品监测费8481万元，并从中违规列支市场费用等；桂林三金药业股份有限公司推迟确认无形资产土地使用权1.12亿元；厦门安妮股份有限公司及下属企业将资金4147万元存入员工个人账户；深圳能源集团股份有限公司下属企业未对员工薪酬等收入1290万元扣缴个人所得税;河南天方药业股份有限公司在无真实交易的情况下，开具银行承兑汇票9.35亿元；南京栖霞建设股份有限公司募集资金3亿元，实际使用情况和报告披露使用情况存在不一致，也未按规定专户存储；深圳一致药业股份有限公司对关联方交易和余额披露不实1.09亿元，未披露对关联方1.5亿元授信合同担保事项。
部分房地产企业存在销售收入不实、多计成本费用、少缴或迟缴税款等问题。
青海辰泰房地产开发有限公司在开发的商品房尚未竣工、未达到可销售状态的情况下提前确认收入5亿元，并虚增长期投资2.51亿元、无形资产1.28亿元；广东宏远集团房地产开发有限公司向税务部门报送的报表与审计报告后附报表不一致，资产相差2.44亿元；三亚亚龙湾开发股份有限公司未按规定核算长期股权投资，少计营业外收入4.03亿元；重庆隆鑫地产（集团）有限公司将其他年度房地产销售收入1.25亿元计入2009年；重庆市地产集团有限公司土地转让款2.31亿元结转不及时，下属重庆市地产集团将应在其他应收款核算的危旧房改造项目政策性亏损8.93亿元计入储备项目核算。
部分国有及国有控股企业出于业绩考核达标、获取银行贷款等目的，有意粉饰财务报表，少数企业还存在违规发放补贴、偷漏税款等问题。
南京江宁经济技术开发总公司将上级主管单位纳入合并财务报表，多计资产91.53亿元、多计所有者权益78.59亿元、多计净利润14.12亿元；烟台冰轮(000811,股吧)集团有限公司将不具有控制权的5家单位纳入合并财务报表，多计资产8.66亿元、多计营业收入15.24亿元；中国石化集团资产经营管理有限公司长岭分公司2009年度发放的职工工资津贴中1416万元未扣缴个人所得税，另有3592万元未按税法规定的超额累进税率代扣代缴个人所得税；兰州铁路局长期挂账职工福利费-医药卫生费结余，多计成本、少计利润1.26亿元。
部分企业内部控制不够健全，存在随意调节利润、以假发票报账、私设“小金库”、侵占国有资产等违规问题。
针对检查发现的问题，各地财政部门依法作出了处理处罚，对68家会计师事务所予以行政处罚。同时，对143名注册会计师予以行政处罚。
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