第一，新三板以机构投资者为主，自然人投资受限。根据现行规定，自然人仅限于公司挂牌前的自然人股东、通过定向增资或股权激励持有公司股份的自然人股东、因继承或司法裁决等原因持有公司股份的自然人股东。在此情形下，与场内市场相比，将自然人拒之门外，新三板无疑缺少了大量可以活跃交易市场的投资主体。
第二，新三板确定交易必须通过券商代理进行。根据现行规定，新三板股份交易必须委托主办券商办理，主办券商代为办理报价申报、转让或购买委托、成交确认、清算交收等手续。挂牌公司及投资者在代办系统所进行的股份交易的相关手续均需经主办券商办理。这些规定与场内市场相比，无疑显示出新三板交易更趋于谨慎和稳健，希望通过券商的参与，加大投资者以及企业投资融资的理性，避免交易的盲目和无序，当然制度制定者更希望券商可以在新三板交易中成为稳定剂和促进交易。但是我们也可以看出，券商在现行新三板交易制度中作用发挥有限，市场交易不活跃，券商并未成为市场交易的主导。
第三，新三板设定最低交易限额。根据现行规定，新三板交易要求每次不得低于3万股，投资者证券账户某一股份余额不足3 万股的，只能一次性委托卖出。根据现行新三板挂牌企业交易成交均价而言，在5、6元/股并不少见，高者甚至在20、30元/股，由此一次进行不低于3万股交易，至少需要投资不少于十几万元资金，多者甚至上百万元的投入，这样的资金投入对于一般法人实体机构而言，是一笔不小的资金，由此也决定新三板投资者更多的为投资公司或者创投、股权投资基金之类的投资机构。
第四，新三板受限于非公众公司的影响，不得突破200人。新三板挂牌公司作为非上市非公众股份有限公司，其内部股东人数不得超过200人，否则将会被视为公开发行，由此新三板挂牌公司投资人数受到严格限制。与场内上市公司而言，新三板挂牌公司的融资会因投资人数受限而受到影响，融资金额也相应会受到影响。
