根据该合作协议，在为期为15年的合作期限内，隆平高科每年向中心支付1000万元人民币的科企全面合作资金。协议期内中心不得再与任何第三方签署类似的合作协议；除了已经正式对外转让或授权的品种组合，概不将其种质资源如亲本及品种（组合）或其他技术成果与任何第三方开展合作。
湖南杂交水稻研究中心暨国家杂交水稻工程技术研究中心目前持有隆平高科股份共计2228.57万股，占公司总股本的8.04%，是公司的发起人和第二大股东。中心以杂交水稻育种为重点，进行高产、优质、多抗三系法、两系法杂交水稻新组合选育，并开展远缘杂种优势利用、杂交水稻分子育种、转基因应用技术研究以及杂种优势机理研究，同时进行杂交水稻资源收集与鉴定、种子纯度检测等研究，是目前世界领先的杂交水稻专业科研机构。
根据合作协议，双方的全面合作的内容和方式首先包括但不限于共同制定杂交水稻科研和产业的发展规划，相互向对方全面开放科研平台、共享科研资源和信息、加强科研人员的交流，开展杂交水稻技术研究与开发。中心向公司开放种质资源库以及相关信息、实验室、育种及实验基地等；公司向中心开放国家企业技术中心、种质资源库、科研基地、分子育种实验室等。中心将其全部杂交水稻科技成果交由公司独家进行产业化测评、开发研究以及商业推广开发，并由公司以双方的名义共同申报成果、品种审定。形成的科技成果属于基础科研成果部分的知识产权属于中心所有，属于应用科研成果部分由双方共同所有，双方可共同冠名。此外，公司还负责对中心的品种、组合进行商业化的前期测试、中期开发和市场推广，并负责上述过程中的相关投资，承担测评、中试和商业化开发的全部风险。
