报告发现的主要问题，集中在部分会计信息披露的不充分上。
其中包括，部分上市公司对于非流动资产的减值迹象、可收回金额的确定和存货跌价准备、坏账准备的转回依据披露不够明确。此外，六成以上的上市公司未披露金融工具的分类依据。例如，2010年，1066家上市公司对存货计提了存货跌价准备，占发生存货业务公司总数的51.95%，主要集中在制造、采掘、交通运输和仓储业等行业。而部分上市公司对存货计提存货跌价准备的原因未作披露或仅进行了“可变现净值低于成本”的简单描述，说明上市公司计提存货跌价准备的披露还有待加强。
同时，体现“高新技术”含金量的研发费用方面的披露也不尽完善。报告显示，2129家上市公司去年投入研发支出的有407家，其中361家公司对“无形资产研发活动的研究阶段”和“开发阶段的”划分标准进行了披露，占407家比例为88.7%，但是上述划分标准均为按照企业会计准则的规定。同时，多数上市公司在披露时仅引用企业会计准则相关规定，并未结合公司实际情况进行个性化披露，没有反映出公司的实际生产、经营及研发情况，这说明上市公司无形资产研发的信息披露还有待进一步加强。
此外，尽管上市公司投资证券市场已成“洪流”，但分析发现，在2129家上市公司中，仅852家上市公司对金融工具的分类依据进行了披露，占比仅为40.02%，这说明六成上市公司未披露金融工具的分类依据。
报告还特别指出，从2007年实施企业会计准则以来，上市公司并购重组过程中产生的商誉呈现出逐年上升的态势。2007年，1570家上市公司中451家上市公司存在商誉，商誉金额合计为326.28亿元，到了2010年，2129家上市公司中741家上市公司存在商誉，金额合计为928.23亿元。报告认为，产生巨额商誉且持续增长的原因，包括法律和制度不完善、上市公司壳资源紧缺、交易方式和手段富有阶段性特征、市场交易不够理性等多重原因，需要引起相关方面的高度重视并进行深入研究和改进。
针对上市公司和资本市场出现的新问题，财政部会计司课题组在未来将进行重点深入研究和解决，涉及问题包括商誉初始计量和减值测试问题；企业改制与同一控制下的企业合并、反向购买相关问题；递延所得税资产的确认和计量问题、各类金融工具公允价值三个层次的应用问题等六个方面。
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