第三，案件查处难度日益加大。危害食品安全犯罪在生产阶段难以被发现，流通环节的链条长、牵涉地域广，案件查办过程中，在管辖、检测、鉴定等方面经常面临取证难等诸多困难。
第四，触犯的罪名多。危害食品安全犯罪可适用的罪名虽然包括生产、销售不符合安全标准的食品罪，生产、销售有毒、有害食品罪，生产、销售伪劣产品罪等多个罪名。根据证据情况和刑法第一百四十九条和有关司法解释的规定，人民法院通常会选择处罚较重的生产、销售伪劣产品罪甚至是以危险方法危害公共安全罪等定罪处罚。
孙军工表示，下一步，人民法院将依法从重打击危害食品安全犯罪的累犯、惯犯、共同犯罪中的主犯，对人体健康造成严重危害、销售金额巨大的犯罪分子，以及处于生产、销售源头的犯罪分子。
依法从严惩处收受贿赂，包庇、纵容危害食品安全违法犯罪活动的腐败分子，以及在食品安全监管和查处危害食品安全违法犯罪活动中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的渎职人员。不断加大财产刑的处罚力度，严格缓免刑的适用。同时，对于具有法定从轻、减轻处罚及酌定从轻处罚情节的犯罪分子依法从轻处罚。通过规范量刑，贯彻“宽严相济”刑事政策，达到惩罚犯罪、改造罪犯、预防犯罪的效果。
