中国经济发展存在着明显的“二元化”结构，由此带来城乡融资的“二极化”，即城市融资享受“普惠”制，而“乡下”镇融资享受不到公平待遇。对此，2006年12月20日，银监会出台《关于调整放宽农村地区银行业金融机构准入政策、更好支持社会主义新农村建设的若干意见》（简称《意见》），2007年1月22日印发了《村镇银行管理暂行规定》（简称《规定》），村镇银行应运而生，但在运行过程中出现了一些共性的问题，应当引起相关部门的高度重视。
运行中的问题
建立村镇银行的初衷是解决中国现有农村地区银行业金融机构覆盖率低、金融供给不足等“金融抑制”问题的创新之举，对于促进农村地区投资多元、种类多样、覆盖全面、治理灵活、服务高效的新型农村金融体系的形成具有十分重要的意义。但在发展中还存在一些问题。
首先是制度设置的问题。由于《规定》规定了“村镇银行最大股东或惟一股东必须是银行业金融机构”等要求，所以要防范控股行试图垄断经营，有违设立初衷的问题。此外，小股东关爱的程度不深，地方政府关注程度也不够。
其次是政策扶持的问题。尽管银监部门颁发了《意见》和《规定》，并出台多项新型农村银行业金融组织的行政许可及监管细则，但相关部门没有出台明确的配套政策。
此外还有业务经营和防范风险的问题。村镇银行信贷投向主要是“三农”，而“三农”对自然条件的依赖性很强，抵御自然灾害的能力较弱，救助机制也较差。此外，中小企业信用担保机构虽然有，但大多是喜好为“成长型”中小企业担保，而对分散类农户不愿意提供担保。
最后是金融监管的问题。村镇银行是新生“婴儿”，还不适应银监部门“三个办法一个指引”的“严监管”。控股的股东希望村镇银行移植自己的经营理念管理制度，村镇银行难以发挥自己的主观能动性。
发展中的思路
村镇银行作为
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