发行公告中的美好描述，并不等同于现实。《每日经济新闻》记者通过实地调查并走访相关人士、政府部门后发现，现代牧业在上市前，污染、土地租赁等方面的问题已经存在，但在发行公告中并没有真实披露。
“最先进”牧场管不好“牛粪”？根据现代牧业的发行公告书及相关公开资料，位于安徽省马鞍山市的畜牧场为公司所拥有的首个畜牧场，于2006年全面投产。现代牧业称，公司经营着中国最完善的大型畜牧场，拥有极具经验的管理层，综合设施及最先进的繁殖、喂饲及畜群管理技术，名下畜牧场也根据先进科学的规划设计与兴建。
在牛粪处理方面，公司称，各畜牧场每天平均产生约700吨牛粪，全部经过各畜牧场的中央发电系统收集及加工，转为生物气用以发电。继而透过公司的循环系统将余下的牛粪循环再用，以转化为肥料。且公司各个畜牧场均配备乳牛废物处理设施，足以处理各畜牧场产生的所有乳牛废物。
但《每日经济新闻》记者在当地采访中看到的、村民反映并得到相关政府部门证实的情况是：丹东村已由“卫生村”变成了“苍蝇多得可以用手抓”的“苍蝇村”；在现代牧业肥东牧场，处理后的牛粪沼液被排入田地，致水稻减产，所在地长王村成了村民口中的“牛屎村”；在现代牧业洪雅牧场，村民遭遇“苍蝇袭城”，并怀疑井水也被污染。
也就是说，从2006年至今，现代牧业的污染一直存在。其发行公告中及相关资料中所称的“足以处理各畜牧场产生的所有乳牛废物”成了“真实的谎言”。
根据现代牧业的介绍，该公司已设计出一个有效及全面的循环再用系统，降低公司畜牧场及其他营运开支。其中涉及牛粪处理的一环是，畜牧场内产生的牛粪每数小时均利用大型牛棚清洁器 （称为走道刮粪机）进行持续清洁及收集。牛粪其后均通过地下集粪池流入单一集粪槽，并泵往厌氧消化器处理。消化器则产生沼气，然后用于发电。剩余的经加工牛粪则用作乳牛睡卧用的垫料。同时也会透过循环系统将余下的经加工牛粪用来生产废料。废料不仅用于公司自有的饲料种植田，而且可以提供给向公司供应饲料的当地农民。
但记者在当地看到，载有牛粪的车辆随意将牛粪倾倒在农田里。此前的媒体报道也揭示，2007年时，马鞍山牧场曾将牛粪倾倒至毗邻的南京市江宁区横溪镇的一些村庄。
刊登于合肥市政府网站、信息来源为“肥东县”的名为《造福群众 合肥全力把好沼液还田综合利用关》的文章称，现代牧业（肥东）有限公司现存栏奶牛18000头，奶牛的排泄物经过特殊工艺处理就可以成为沼液，每天可生产700~800立方米沼液。现代牧业在农场内建有3个沼液储存池，累计可储存沼液约6万立方米，储存的沼液会通过车辆送往周边23个沼液中转池，再由中转池最终到达消纳沼液的田间地头，无偿提供给周边群众使用。该文透露，现代牧业曾将沼液外运任务承包给两家运输公司，但这两家运输公司为节约成本，发生过倾倒沼液的情况，此后沼液外运任务即由现代牧业自有的10部专用运输车承担。
而现代牧业肥东牧场所在地长王村的村民在牧场进驻后，却编出了“全国人民喝牛奶、肥东人民喝牛尿”的顺口溜。
当地村民介绍，从牧场接出的管道直接向田里排放 “热气腾腾的沼液”。《每日经济新闻》记者在现场看到，至少有数十亩田地被填满了处理过的牛粪沼液，部分沼液流入水稻田中。“现在的长王村，简直就是‘牛屎村’。”有村民说。
面对这种情况，现代牧业在11月24日回复《每日经济新闻》记者时却称，目前牧场的粪污处理系统都可以正常有效地处理牧场的牛粪尿，经过厌氧发酵处理后产生的沼渣作为牧场牛舍卧床的垫料，不存在牛粪随意倾倒。牧场内的牛粪尿经过厌氧发酵处理后通过管道输送到周边牧草种植地中，实现沼液还田，符合处理流程。
实际上，在上市材料的风险提示环节中，公司也清楚环保方面出现问题可能面临的麻烦。现代牧业称，若不遵守这些法律法规，造成环境污染，可能会被中国环保部门处以罚款，情况严重的会被中国政府责令停业或关闭任何未遵守法律法规的业务。
土地租用的还是无偿？现代牧业于上市材料中称，公司合共拥有11个经营中的畜牧场，其中4个畜牧场已取得国有土地使用权，余下7个则使用承包土地。此7个使用承包土地的畜牧场之中，2个使用承包国有土地，5个使用集体所有农地或林地，并与拥有农地或林地的地方农村、城镇委员会签署长期承包土地。马鞍山牧场所在地丹阳镇丹东村、山河村422位村民或集体组织系与马鞍山领先牧业有限公司订立了承包土地转让协议书。公司表示，在租赁及使用集体所有制土地时并未面临任何纠纷或阻力。
但是，在现代牧业昨日（11月24日）给《每日经济新闻》记者的回复中，却称并“未曾和农民接触”，所获土地均为政府无偿向企业提供，至于政府同村民具体如何签订相关文书，企业并不清楚。
《每日经济新闻》记者在马鞍山现代牧场的调查显示，村民所获相关土地协议的乙方为“马鞍山现代牧业股份有限公司“，并非地方政府，也非“马鞍山领先牧业有限公司”。同时，另有部分村民并未拿到这份土地协议，而在被认为应由村民个人签字的部分，也被指认为由同一人代签。
而在安徽省合肥市肥东县白龙镇长王村，现代牧业拥有土地总占地面积2383亩。上市材料称，马鞍山现代牧业有限公司肥东分公司与肥东县白龙镇人民政府订立了农村土地承包经营权租赁合同，自2009年1月1日起至2025年9月30日期满。长王村当地村民及村支书却向记者反映，现代牧场占地时，无论是村一级政府还是村民，均未和现代牧业签订任何协议或土地租赁合同，合同是由镇政府与现代牧业方面签署的。当地村支书王国应说，他甚至没有见过那份合同。当地白龙镇党委副书记李前进则称，合同系由现代牧场与县里签署，镇里也不了解情况。
如果真如现代牧业所说“并未面临任何纠纷或阻力”，为何要土地租赁事宜如此“诡异”？
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